3 «Мавр»
Джем, брат и потенциальный претендент на трон султана Оттоманской империи, прибывает в Рим. Султан щедро платит Папскому престолу за то, что Джем содержат в качестве "гостя", но заплатят еще больше, если Джем случайно умрет. Джем устанавливает хорошие отношения со всем семейством Борджиа, и даже признается Чезаре, что хочет стать христианином. Чезаре против убийства, ведь Лукреция очень привязалась к новому гостю. Чезаре отказывает своим братьям использовать в этих целях Микелетто. Тогда Хуан пользуется услугами другого отравителя. Джем мучается, но не умирает. Папа выбирает за кого выдать замуж свою дочь. Кандидатов наиболее выгодных церкви 4, и в итоге Родриго выбирает Джованни Сфорца. Хуан душит Джема подушкой, Джем умирает и Лукреция получает приданое для свадьбы в виде золота султана.

4 «Свадьба Лукреции»
Родриго выдает свою дочь Лукрецию замуж за Джованни Сфорца. Дабы избежать дурной славы он запрещает матери девочки появляться на ее свадьбе к разочарованию и самой Лукреции, и Чезаре. Кардинал делла Ровере пытается получить поддержку Флоренции и Франции, чтобы сместить действующего Папу. Он предлагает флорентийским банкирам Медичи и их послу, Никколо Макиавелли, невмешательство в будущую войну. Свадьба проходит, как и запланировано, без Ваноццы. Однако Чезаре приводит ее на бал к всеобщему неудовольствию. На празднике показывают похотливую комедию, в итоге Лукреция, переутомившись, засыпает. На балу Чезаре знакомится к Урсулой Бонадео, которая высказывает к нему симпатию. Лукрецию привозят в дом Сфорца, где Джованни в грубой форме отзывается о ее свадьбе и лишает девственности.

7 «Смерть на белом коне»
Старый король Неаполя умирает, что стало выгодно его сыну Альфонсо, он претендует на неаполитанскую корону. Тем временем, французский король Карл VIII беспрепятственно проходит через земли герцогства Миланского, Сфорца. Позднее французская армия осаждает Лукку, полностью ее разрушает и грабит. В страхе перед такой же участью Флоренция готова открыть свои ворота французам. Папа обещает отлучить весь город от церкви, но Медичи соглашается на унизительные условия: денежное вознаграждение, ночлег и заложники из знатных семей. Родриго посылает Джулию Фарнезе к Джованни Сфорца в надежде склонить его и его армию на свою сторону, но и Катерина Сфорца и Джованни отказываются предоставлять свое войско. В доме Сфорца Джулия узнает, что Лукреция беременна и не от мужа, решает это сохранить в тайне и сбежать.

8 «Военное искусство»
Джулия и Лукреция покидают Пезаро на лошадях. Джованни узнает о побеге и пытает Пауло. Папская армия готова встретиться с французской армией в бою под руководством Хуана. Джулия и Лукреция не успевают доехать до Рима, из замечает французский отряд. Их представляют французскому королю. Король очарован красотой и умом Лукреции. Кардиналы и жители покидают в панике Рим. Папа отказывается оставлять свой трон и остается в Сикстинской капелле. В битве французская армия снова демонстрирует мощь своих пушек и Лукреция, опасаясь, что войско Папы просто будет перебито, вызывается парламентером. Она предлагает Хуану впустить французов в Рим, зная, что не он их цель, а Неаполь. Папа решает встретить французов в простом монашеском облачении, без украшений и символов Папы.

Сезон 2

1 «Бык Борджиа»
Папа, довольный текущим состоянием дел своей семьи и своими успехами, решает провести праздник в Риме для простых людей. Во время охоты он и Джулия обнаруживают развалины древнего храма, посвященного удовольствиям. Их разбирают и перевозят в Ватикан. Здесь он знакомится с молодым учеником искусства - Виттория - девушка выдает себя за молодого подмастерье. Джулия, зная, что ее возлюбленный от нее отдалился, не теряет надежды вернуть его и поэтому также оказывает поддержку Виттории. Тем временем, король Франции страдают от чумы в Неаполе и, захватив Принца Альфонсо, жестоко пытает его.

2 «Паоло» Нил Джордан
Папа желает лично увидеть условия жизни на улицах Рима и после осознания крайней нищеты города привлекает Джулию, чтобы решить проблему. Паоло приезжает в Рим и ищет с встречи с Лукрецией. С помощью куртизанки ему удается увидеться с ней снова. В тайне от Хуана, недовольного тем, что простолюдин порочит честь его сестры, Чезаре с матерью организовают Паоло и Лукреция встречу, при условии, что Паоло сразу после этого покинет Рим...

3 «Блестящий обман»
Последствия убийства Паоло набирают обороты - Лукреция, узнав о случившимся, теряет интерес к жизни. Кардинал Делла Ровере начинает реализацию плана по смещению папы, пытаясь заручиться поддержкой околокатолических религиозных культов. Король Карл, страдающий "неаполитанской лихорадкой", возвращается из Неаполя и намерен с помощью армии Сфорца и своей артиллерии отомстить Риму. Папа Александр поручает сыну подготовить город к обороне, но, как оказывается, ни временем, ни средствами для этого Рим не располагает, и тогда Чезаре, в тайне от отца, решается на рисковую авантюру...

6 «Пепельная среда»
По возвращении в Рим, Чезаре сообщает отцу о случившимся в Форли. Это толкает Александра на мысль о выгодном браке для обеспечения папства, к великому неудовольству Лукреции. Савонарола продолжает набирать сторонников во Флоренции. Папа еще надеется купить его предоставлением кардинальской должности, но после категорического отказа Савонаролы ни у кого не остается сомнений в необходимости его физического устранения. Делла Ровере начинает готовить Антонелло к свершению его миссии. Макиавелли сообщает Чезаре маршруты вывоза карет с золотом Медичи из флорентийских банков - и хотя Чезаре с наемниками, захватывает их, он снова не может достичь своей главной цели.

7 «Осада Форли»
Хуан Борджиа возвращается в Рим с конкистадорами, привозит дары из Нового Света в том числе пантеру для Лукреции и сигары для отца, которые папа путает с "экскрементами". Отец поставил перед Хуаном ​​задачу взять Форли. Армия прибывает в Форли обнаруживает французские пушки. Во время переговоров Хуан похищает сына Катарины и пытает его. Лодовико Сфорца ведет свою армию в Форли прорвать осаду. Сын Катерины выживает. Хуан убегает в лес. Во Флоренции Чезаре видит Савонаролу, который продолжает проповедовать против тщеславия. Он видит Костер тщеславия. Лукреция дает согласие на встречу с ее женихом Кальвино де Генова,но ей нравится его брат Раффаэло.