Сюжет
Девятая кукла (далее Девятый) просыпается в лаборатории учёного, обнаруживает на полу артефакт и, недолго думая, выбирается из дома в поисках живых. Вскоре он встречается со второй куклой (далее Второй), которая помогает Девятому обрести голос при помощи детали-динамика. Второй всё время твердит о том, что Девятый наконец-то пришёл, чтобы всех спасти, но не успевает ничего объяснить — его похищает Зверь, котоподобный механический робот, наполовину состоящий из костей настоящей кошки. Раненый Зверем при попытке спасти Второго (а точнее, Зверь порвал Девятому плечевой шов, обездвижив руку), Девятый падает без сознания среди пепла и руин.
Его находит и приносит в старый собор пятая кукла (далее Пятый), одноглазый врачеватель, который, по его же утверждению, «никогда этому не учился, но руки сами всё делают». Пятый чинит Девятого, и тут они встречаются ещё с двумя куклами. Первая кукла (далее Первый) — самозваный лидер кукол, правящий всем миром. Он боится выбираться из собора и просто ждёт, когда последний робот — он же Зверь — отключится, как это сделали все машины, созданные искусственным разумом. Восьмая кукла (далее: Восьмой) — бугай с магнитной зависимостью (ему нравится создавать помехи в своей голове, прикладывая к ней противоположные полюса), телохранитель Первого. Первый хочет объяснить Девятому установленные им правила и поднимается с ним наверх, где обитает ещё одна кукла, шестая (далее Шестой). Шестой — сумасшедший, который сам ничего не помнит, но постоянно рисует странные символы своими пальцами-перьями. Он постоянно просит Девятого вспомнить, но тот не понимает, что от него требуется. Девятого и Пятого после короткого спора с Первым отправляют наверх, в обсерваторию Пятого.
Упрямо отказываясь принять позицию Первого, Девятый решает сбежать из собора и найти Второго, которого вместе с артефактом Зверь утащил в сторону старой фабрики, что высится за чертой города. Пятый, поколебавшись, решает составить Девятому компанию и забирает нарисованную Вторым карту. В поисках пути друзья теряют в песчаной буре карту, но находят нужный тоннель и вскоре добираются до фабрики, где встречаются со Вторым. Тот был заперт в клетке Зверем, а Зверь пытался что-то раскопать в обломках и пепле.
В попытках освободить Второго Девятый и Пятый привлекают внимание Зверя, и тот пытается их поймать. В результате три куклы оказываются зажаты в тупике, но тут их спасает седьмая кукла (далее Седьмая). Зверь повержен, куклы рады друг друга видеть. Тем временем Девятый, вертя в руках артефакт, находит в обломках паз, который точь-в-точь подходит для артефакта, и бездумно вставляет его. Второй, увидев это, пытается вытащить артефакт, но у него не выходит, и тут же его душу высасывают из тела. Испуганные куклы убегают из фабрики, внутри которой проснулась её хозяйка — Машина с искусственным разумом. Побег кукол заставляет Машину собрать из металлических запчастей и костей, в обилии валявшихся в основном помещении фабрики, очередного робота, но на этот раз — летающего.
В поисках ответа на то, что это за Машина и артефакт, Седьмая приводит Пятого и Девятого в библиотеку, где поселились третья и четвёртая куклы (далее Третий и Четвёртый), немые близняшки, общающиеся при помощи световых сигналов из глаз. Те быстро находят нужную полку с информацией про изобретение машины, видеозаписью о запуске Машины, агитационный ролик о войне и Машине, которая построила для этого целую армию боевых роботов, о восстании Машины против людей после мировой победы. Всё ещё не получив ответа на вопрос, как связаны учёный, Машина и артефакт, Девятый и Пятый возвращаются в собор — Седьмая отказалась возвращаться под надзор Первого, а Третий и Четвёртый остались в библиотеке. Там Пятый ищет записи Второго, но их ловит Восьмой и относит к Первому, который устраивает разнос обеим куклам за то, что они ушли туда, куда он идти запрещал. Перепалка заканчивается вторжением механической птицы, которая непреднамеренно устраивает пожар. Чудом спасшись от робота благодаря вмешательству Седьмой, все куклы, включая Шестого, покидают сожжённый собор и переезжают в библиотеку. Таким образом, вместе собираются все восемь, но у Девятого по-прежнему нет ответов.
Машина к этому времени успела собрать множество пауков-ремонтников и несколько зондов-шпионов. Один из них привозит Машине останки механо-птицы, и Машина в гневе решает собрать что-то более эффективное. Как назло, в поле её зрения появляется тело Второго, которое куклы не успели унести из фабрики.
В библиотеке тем временем возникает новая перепалка с Первым, которая грозила стать настоящей дракой с участием Седьмой, но Девятый вовремя пресекает её. Тем временем стоявший на часах Восьмой встречается с новым изобретением Машины — змеем-ткачом, задача которого похищать кукол при помощи гипнотизирующего мерцания из глаз тела Второго и приводить их к Машине, чтобы та высосала их души. Ткач очаровывает Восьмого и зашивает его в своё тканое нутро. Затем он нападает на уединившегося брюзгу-Первого, но тот успевает предупредить остальных криком, поэтому Девятый, Седьмая и Пятый спешат выручить подлеца и труса Первого. Седьмая похищена, а Девятый и Пятый вызволяют Первого и срубают с ткача тело Второго. Отправив погибшего товарища в последнее путешествие по воде, куклы идут в фабрику — спасать Седьмую.
Оставив друзей у входа придумать способ взорвать фабрику, Девятый лично спускается вниз по жёлобу, чтобы найти Машину и Седьмую и вызволить её. Сначала наблюдает за тем, как машина высасывает душу Восьмого. Обдурив ткача и перемолов его зубьями больших шестерён, Девятый помогает Седьмой выбраться из фабрики. Тем временем остальные сбрасывают зажжённую бочку с топливом, и та падает прямо в резервуар с тем же веществом, вызывая чудовищный взрыв, который и разрушил дьявольское здание.
Казалось бы, всё кончено, но Девятый всё ещё ничего не знает ни о себе, ни об остальных, ни о том, что делать дальше. Короткая передышка нарушается появлением выжившей Машины, которая смогла отделиться от общего каркаса здания и теперь жаждала мести. Пятый спасает Девятого и Первого, оказавшихся ближе всех к машине, но его душу высасывают. Это зрелище вызывает в памяти Шестого воспоминание о том, что такое артефакт, и для чего он нужен, и, что главнее, — что души кукол, съеденные Машиной, не потеряны окончательно, и что их можно вернуть. Убегая от машины, куклы потеряли Шестого, и Первый решил, что Седьмая и близнецы должны помочь ему уничтожить машину. Девятый иного мнения — он хочет сначала спасти души съеденных кукол. И поэтому он отделяется от основной группы и возвращается туда, где проснулся — в лабораторию учёного, где находит чертежи кукол и Машины, а также шкатулку-проектор, в которую учёный записал обращение к Девятому.
Осознав, что он — это Учёный, Девятый спешит обратно, чтобы исправить свои ошибки и избавиться от Машины. Он воссоединяется с остальными, и они, бросив старую гаубицу, из которой Первый хотел разрушить Машину, убегают глубже в сеть траншей, оставшихся от войны с роботами. По пути Девятый объясняет, чьи воспоминания вложил в них учёный.
В финале погони Первый, который оказался Канцлером, тем, кто инициировал мировую войну и использовал Машину во зло, осознав свою роль, бросился под высасывающий луч артефакта, дав Девятому возможность снять предмет с тела Машины. Затем тремя нехитрыми щелчками по кнопкам на артефакте, Девятый обращает его силу против Машины, высосав из неё все души и тем самым уничтожив её.
Много времени спустя Девятый, Седьмая, которая оказалась женой учёного, и близнецы — их дети — похоронили товарищей и освободили их души из артефакта. Вознесение душ вызвало дождь, который окропил мёртвые земли и дал надежду на появление новой жизни. В финальных кадрах в каплях воды видны первые бактерии.
