4 «Смертельный союз / Смертельная встреча»
«Deadly Reunions»   
Ксавье пытается пробиться в разум Саблезуба, чтобы несколько изменить характер последнего, но часть подсознания Саблезубого закрыта от вмешательства. Тем временем, Магнит избирает своей новой целью химический завод, привлекая этим внимание Ксавье. Команда отправляется на бой, оставив Джубили следить за Саблезубом. Девочка жалеет своего подопечного и, желая перебинтовать тому пораненную руку, освобождает её от наручника, чем пользуется Саблезуб, хватая Джубили и требуя освободить его от оков полностью. Получив свободу, мутант собирается убить пленную и разнести лабораторию, но вовремя вернувшиеся Росомаха и остальные спасают положение.

5 «Узники / В плену сердец»
«Captive Hearts»   
Отправившись на свидание, Скотт и Джина попадают в ловушку к морлокам — особо уродливым мутантам, обитающим в подземке. Лидер морлоков Калисто вознамерилась зачать от Скотта ребенка, чтобы родить наследника. Росомаха, Гроза, Шельма и Гамбит приходят на выручку друзьям, но проигрывают морлокам по численности; тогда Гроза предлагает Калисто поединок на мечах за звание вождя морлоков, в котором побеждает. Став новой предводительницей, она освобождает Икс-менов и призывает уродцев выйти на поверхность и прекратить скрываться, но те опасаются за свою жизнь, и Гроза оставляет Калисто в качестве своего заместителя.

6 «Ледяная месть / Холодная месть»
«Cold Vengeance»   
Росомаха отправляется на север с целью отдохнуть, но внезапно на него нападает Саблезуб, который сталкивает его в ледяную воду. От гибели Росомаху спасают эскимосы, с которыми Логан быстро находит общий язык, за исключением одного — того, кто до прихода мутанта был самым сильным в племени. Он сдает Росомаху Саблезубу и, думая завести Логана в ловушку, отвозит того от берега с предлогом порыбачить, но на самом деле Саблезуб хочет убить новых друзей Логана. Росомаха и осознавший свою ошибку эскимос побеждают злодея и спасают племя.

10 «Приближение Апокалипсиса / Наступление Апокалипса»
«Come the Apocalypse»   
Тень в облике Адлера превращает нескольких мутантов, в том числе миллионера Уоррена Уортингтон, который является мутантом с ангельскими крыльями во Всадников Апокалипсиса, несущих гибель и разрушение. Команда Икс вступает в бой со Всадниками, которые, тем не менее, сильно превосходят их по силе. Тогда Шельма высасывает зло из Уортингтона, и тот нейтрализует своих бывших соратников, чем разрушает планы Апокалипсиса.

11 «Тёмные дни будущего часть 1 / Время будущего прошло часть 1»
«Days of Future Past part 1»   
В далеком будущем, когда все Люди Икс, за исключением Росомахи, погибли, власть захватили вышедшие из-под контроля Стражи. Мутант Фордж при помощи собственноручно изобретенной машины времени отправляет в прошлое своего соратника Квакера. Он должен предотвратить покушение на сенатора Роберта Келли, из-за гибели которого и начались массовые истребления мутантов. Дело осложняется тем, что убийца сенатора — никто иной, как Гамбит…

12 «Темные дни будущего часть 2 / Время будущего прошло часть 2»
«Days of Future Past part 2»   

Гамбит готов доказать, что не он убийца, а заодно предотвратить покушение, поэтому он сбегает из под надзора Квакера и Росомахи и отправляется на съезд, где Келли будет выступать. По ходу действия выясняется, что убить сенатора собирается вовсе не Гамбит, а Тень, принявшая его обличье ради политической провокации. В результате небольшой потасовки сенатор спасен, а Квакер отправлен обратно в будущее; Тень же оказывается приемной матерью Шельмы, которая дает ей уйти.
Но, несмотря ни на что, будущее не изменилось: Магнит похитил Келли прямо из рабочего кабинета…

13 «Окончательное решение /»
«The Final Decision»   
Магнит хочет убить сенатора Келли, но вдруг появляются пластиковые стражи, на которых не действуют силы Магнита и забирают сенатора с собой. Они отвозят его к Боливару Траску, работавшему над созданием Стражей. Траск намерен пропихнуть Келли в президенты США, но новосозданный Страж отказывается вернуть Келли в штаб избирательной кампании. У Форм-Мастера свой подход к сложившейся ситуации: он горит идеей заменить мозги всех ведущих политиков мира (в том числе и Келли) на подчиненные ему компьютеры. Сенатора спасают объединившие усилия команда Икс и Магнит, заодно уничтожив завод и уничтожив тело Форм-Мастера. Келли меняет свою точку зрения касательно мутантов и, став президентом США, амнистирует Зверя.

17 «Красный рассвет / Красная заря»
«Red Dawn»   
В постсоветской России идет гражданская война. С целью восстановления СССР военные возвращают к жизни некогда забракованного андроида «Омега-Ред», но тот задумал взять бразды правления в свои руки. Колосс обращается к Людям Икс за помощью в победе над монстром, но никого, кроме Джубили, в резиденции не оказалось, поэтому Колосс отправляется в Россию вместе с ней. Вовремя подоспевший Росомаха помогает освободить пленников Омеги и на время задержать андроида, после чего рассказывает, что того невозможно уничтожить. Прибывает подмога в лице остальной команды Людей Икс. Они одерживают победу над войсками, но на Омегу их силы практически не действуют; тогда Гроза, выиграв время, вновь замораживает Омегу.

18 «Старый должок / Время отдавать долги»
«Repo Man»   
Росомаху заманивает в ловушку отряд Альфа — команда канадских мутантов, в которой он некогда служил. Логан нужен для того, чтобы военные во главе с генералом Чейзеном выяснили секрет создания его адамантиевого скелета. Облучение ничего не дает, и Чейзен дает приказ убить Росомаху и вынуть скелет из его тела; тогда весь отряд Альфа, за исключением его лидера Мстителя, приходит на помощь старому другу, и тот, улучив момент, сбегает из лаборатории.

19 «Дань прошлому / Власть всесильной»
«X-Ternally Yours»   
Во время тренировки Циклопа некто звонит Гамбиту, управляющему симулятором, в результате чего тот приходит в ужас и отправляется к себе на родину, случайно поставив симулятор на максимальную сложность, в результате чего Скотт получает серьёзные травмы. Дело в том, что Гамбит некогда состоял в лиге Воров, издавна противостоявшей лиге Убийц, и теперь, если похищенный Убийцами брат Гамбита Бобби не принесет вовремя дань Всесильной (божеству, покровительствующему обеим лигам), то она его убьет. Взамен на Бобби и дань Убийцы требуют самого Гамбита…

23 «Красавица и чудовище /»
«Beauty & the Beast»   

Зверь работает над восстановлением зрения слепой от рождения девушки Карли, в которую влюблен, но после нападения на больницу «Друзей Человечества» Хэнк вынужден передать операцию своему другу, доктору Полсену, дабы пациентам и персоналу больницы не угрожала опасность. Поведение «Друзей человечества» приводит Логана в ярость, и тот под видом пострадавшего от мутантов человека проникает в их штаб-квартиру.
Зверь приходит навестить Карли уже после операции, но её отец, ненавидящий мутантов, заставляет доктора уйти; вслед за Хэнком выбегает Полсен, и в следующую минуту расисты нападают на палату и похищают Карли. Логан помогает Хэнку, потерявшему много сил в битве с охраной, освободить девушку и вывести Крида из равновесия, раскрыв его тайну с помощью портативного проектора и базы данных Церебро. Как оказалось, он сын Саблезубого, ненавидящий своего отца. Хэнку и Карли приходится расстаться, но отец девушки меняет свое отношение к мутантам и благодарит доктора за его поступок.

24 «Фуфловиденье / МоджоВижн»
«Mojovision»   
Монстр Моджо, телебосс из другого измерения, увольняет свою звезду Прострельщика ввиду низких рейтингов; на его место решено взять Людей Икс, которых Моджо и похищает (за исключением Гамбита и Джубили). Он заставляет мутантов попарно сражаться с созданными им образами в короткометражных «шоу», в конце которых главный герой обязательно погибает. Тем не менее, Джине удается, используя телепатию, поломать технику Моджо, и в этот же момент Прострельщик освобождает героев. Как результат — Моджо потерял зрителей, а Люди Икс вернулись в свой мир.

25 «Воссоединение часть 1 /»
«Reunion part 1»   
Скотт, Джина и Логан находят Морфа, выступающего в театре и использующего свои способности для исполнения ролей. Прямо в его гримерке на троицу нападает команда Злыдня, которая похищает Джину. Тем временем, Ксавье и Магнит попадают в плен к мутоидам, некогда созданным Магнето; теперь они служат Мистеру Злыдню. Вскоре после этого друзей освобождает лидер сопротивления Казар, недолюбливающий Магнето за его прошлые дела в диком мире. Вместе они пытаются тайком пробраться в башню Злыдня, где располагается контролирующее способности мутантов устройство, но там их уже поджидают мутоиды. Казару удается бежать, но мутанты вновь становятся пленниками Злыдня, который при помощи способного к гипнозу и поглощению чужой энергии монстра Птерикса заставляет Чарльза вызвать оставшихся членов команды в дикий мир.

3 сезон

27 «Гостья из прошлого часть 1 / Прочь из прошлого часть 1»
«Out of the Past part 1»   
Морлоки крадут у некой Леди с прозвищем «Рука Смерти» оружие, которое должно помочь им добыть сокровища, но терпят фиаско в бою с киборгами, которые пленят подземных мутантов. Под страхом смерти один из морлоков вызывает Росомаху в подземку, чтобы тот помог Руке Смерти, узнавшей про сокровища, пробить оболочку инопланетного корабля (где, как уверены все присутствующие в подземелье, и находятся сокровища); вслед за Логаном отправляются Гамбит и Джубили. В Руке Смерти Логан узнает свою бывшую возлюбленную Ёрико, ставшую киборгом и считающую Росомаху виновником гибели её отца. Логан отказывается помогать ненавидящей его Ёрико, но в драке последняя попадает в силовое поле корабля, и Логан повреждает его, пытаясь освободить Ёрико, что ему удаётся. Стенка корабля разрывается, и наружу выбирается нечто ужасное…

28 «Гостья из прошлого часть 2 / Прочь из прошлого часть 2»
«Out of the Past part 2»   
Энерготарантул — существо, вышедшее из корабля и неуязвимое к земному оружию, — поглощает души киборгов, морлоков и Джубили. Росомаха, Ёрико и Гамбит стараются сдержать врага и не дать тому выбраться на поверхность, заодно вызвав подмогу, но монстр заманивает мутантов в ловушку и высасывает душу и у Ёрико. В это время прибывает остальная команда; после бесплодной схватки Гамбит и Росомаха заманивают монстра на рельс, находящийся под напряжением, и монстр взрывается, освобождая души своих пленников. Чарльзу же, исследующему корабль вместе с Хэнком, внезапно приходит странное видение...

32 «Сага о Фениксе часть 4: Звездное радио / Звездный глушитель»
«The Phoenix Saga part 4: Starjammers»   
Феникс отравляет Икс-менов на звёздный крейсер Лиландры, но по пути на него нападают пираты во главе с Корсаром — отцом Циклопа (о чем знает лишь Джина); пираты похищают кристалл и Скотта. При помощи Циклопа Корсар хочет уничтожить Ткена во время осуществления сделки, но и Ткен играет нечестно. Он натравливает на Корсара свой взвод, который успешно побеждают вовремя прибывшие Икс-мены. К несчастью, Ткену все же удается высвободить силу кристалла.

33 «Сага о Фениксе часть 5: Дитя света /»
«The Phoenix Saga part 5: Child of Light»   
Повреждённый Эмкрон поглощает Ткена, а после начинает втягивать в себя всю галактику. Феникс переносит Икс-менов на корабль Корсара и они пытаются улететь, но в итоге также оказываются внутри кристалла; на Земле же творится хаос из-за разбушевавшейся природы, которой кое-как стараются противостоять различные мутанты во всех частях света. Тем временем, Ткен, ставший внутри Эмкрона подобием божества, всячески истязает своих пленников, однако Феникс освобождает всех, за исключением самого Ткена, и восстанавливает Эмкрон. Мир спасён, но Феникс, не покидая Джины, отправляется на Солнце, чтобы сохранить кристалл в неприкосновенности.

34 «Одинокие острова / Скорбь мутанта»
«No Mutant is an Island»   
Потеряв Джину, Скотт не может найти себе покоя и покидает команду. Он возвращается в приют, где когда-то вырос, и знакомится там с мальчиком-мутантом Расти, способным создавать и контролировать пламя. Расти, как и ещё троих детей-мутантов, усыновил местный меценат Килгрейв, баллотирующийся на пост губернатора; мальчик очень боится возвращаться к Килгрейву, но хозяйка приюта Сара ему не верит и возвращает ребенка богачу. Скотт заподозрил что-то неладное, и, как оказалось, не зря: Килгрейв сам является мутантом, способным к гипнозу, и он использует детей в своих корыстных целях. Скотту и Саре удается выкрасть детей у психа, после чего разъяренный Килгрейв нападает на приют. Это снимают репортеры, тем самым, дискредитировав мутанта в глазах общественности. Прогнав врага, Скотт решает вернуться в команду; внезапно Церебро обнаруживает Джину — она ещё жива…

38 «Дух дикого острова часть 1 / Дикая Земля, Необычное сердце часть 1»
«Savage Land, Strange Heart part 1»   
В Диком Мире успешно идет восстание против Птерикса, захватившего власть после ухода Злыдня. Казар настигает обессиленного узурпатора, но в последний момент того спасает Зеладена, жрица бога Гарока. Она сажает Птерикса, к тому моменту превратившемуся в Карла Лайкона (его истинное обличье), в свой самолет и оправляет в США. Там Лайкон, чтобы выжить, высасывает жизненную энергию у случайных прохожих, но, поглотив силы подвернувшегося под руку Росомахи, высвобождает Птерикса. Монстр выводит из строя Шельму и похищает Грозу, и вслед за ним отправляется команда Икс в лице Росомахи, Джубили, Шельмы и Зверя. Они встречают Казара и вместе с ним побеждают Птерикса, который вновь становится Лайконом, но уже поздно: при помощи гипноза Птерикс лишил Грозу самоконтроля…

39 «Дух дикого острова часть 2 / Дикая Земля, Необычное сердце часть 2»
«Savage Land, Strange Heart part 2»   
Чтобы усмирить разбушевавшуюся Грозу, Лайкон поглощает значительную часть её сил и снова принимает облик монстра. Придя в себя, Гроза вознамерилась уничтожить Гарока, что на руку последнему: каждый раз, когда «ведьма» использует свой дар, Гарок становится сильнее. Он превращает значительную часть Дикого Мира в каменистую пустыню и, добравшись до вулканической гряды, возрождается в виде гиганта. Птерикс, в свою очередь, высасывает силы уже из самого Гарока, вследствие чего они уравниваются в размерах и вступают в бой. Оба монстра погибают, а Лайкон становится человеком уже навсегда.

40 «Темный Феникс часть 1: Ослепленные / Феникс тьмы часть 1: Ослепленные»
«Dark Phoenix Saga part 1: Dazzled»   
Икс-мены находят Джину и возвращают домой, но, как оказалось, Феникс все ещё не покинул тела девушки. Мало того, он собирается свою новую оболочку для получения новых, неизведанных ранее ощущений. Это на руку элитному клубу мутантов, именующих себя Внутренним Кругом; Эмма Фрост и Джейсон Вингард, состоящие в клубе, похищают Джину и погружают в мир иллюзий, где Вингард притворяется её возлюбленным…

43 «Темный Феникс часть 4: Судьба Феникса / часть 4: Судьба Феникс»
«The Dark Phoenix Saga part 4: The Fate of the Phoenix»   
Чарльз вызывает Лиландру на дуэль, от которой по шиярским обычаям нельзя отказаться. Икс-мены оказываются на Луне, где начинают сражение с воинами Шияра; в разгар битвы пробуждается Темный Феникс, и Чарльз понимает, что Лиландра права и единственный выход — уничтожение врага. Императрица направляет на Джину-Феникса луч, и Джина погибает. Спустя некоторое время пробуждается Феникс, вернувший самообладание, и предлагает Икс-менам вернуть подругу к жизни, отдав ей часть жизненной энергии от каждого. Члены команды соглашаются.

44 «Конец сиротства / Воссоединение семьи»
«Orphan’s End»   
На базу Икс-менов поступает сообщение от капитана Шияра, предупредившего о том, что к Земле летит Корсар. По словам капитана, он совершил особо тяжкое преступление и похитил свидетельницу, которая, возможно, уже мертва. Циклоп и Гроза спасают Корсара, чей корабль упал в водоем, и Скотт случайно узнает о своем родстве с Корсаром; он просит капитана не торопиться с передачей преступника, но корабль Шияра внезапно открывает огонь по троице. Спасаясь от преследования, Скотт меняет мнение насчет отца и сдает его Шияру, после чего оказывается в энергетической ловушке. В это время Грозу отлавливают Рейдеры, крайне возмущенные поступком Скотта по отношению к собственному отцу; они приносят пленницу на свою базу, где находится та самая свидетельница — живая и невредимая. Как оказалось, капитан был нанят неким лордом Чемберленом, чье преступление было приписано Корсару. Но помощница капитана, будучи в сговоре с Корсаром, освобожает Саммерсов, и тем удается задержать злоумышленников. В конце концов, Корсар соглашается погостить некоторое время на Земле, где так давно не был.

45 «Несчастная любовь /»
«Love in Vain»   
На разумном китообразном существе Аканти на Землю прибывает раса странных существ-паразитов. Они пленят Росомаху, находившегося поблизости, но тому удается выбраться из Аканти и, добравшись до телефона-автомата, позвонить на базу и попросить о помощи. Тем временем, паразиты используют бывшего парня Шельмы Коди, дабы заманить её в ловушку. Они временно лишают девушку способности к энергопоглощению и осыпают спорами, способными превратить человека в одного из них — пришельцам нужны тела, способные к репродукции. Когда, помимо Шельмы и Коди, в плену у паразитов оказываются Гамбит, Гроза и Зверь, на выручку приходит Росомаха, излечившийся от спор. Он передает часть своей силы Шельме, и та также возвращает себе человеческий облик. Освободив остальных, они прорываются к выходу, но Аканти взлетает и покидает Землю; к счастью, Ксавье при помощи телепатии освобождает Аканти от контроля паразитов, и тот своим ревом нейтрализует паразитов, после чего возвращается в пустыню и выпускает мутантов.

49 «Убежище часть 2 /»
«Sanctuary part 2»   
Чарльз, Зверь и группа людей, находившихся на астероиде в качестве гостей, вынуждены сбежать, Гамбит же остаётся прикрывать их и попадает в плен. Кортес требует от Гамбита признать свою причастность к этому, но, не добившись признания, отправляет его в камеру; тем временем, профессор, Шельма, Росомаха и Зверь поминают якобы погибшего Магнита и вновь отправляются на астероид. К Гамбиту в камеру проникает Амелия (бывшая возлюбленная профессора) и просить признать его вину за гибель Магнита, однако Гамбит говорит ей, что этого не делал, и озадачивает её тем, что Кортес был первым, кто добрался до каюты Магнита, несмотря на то, что его комната находится на другом конце астероида. Не обнаружив записей о происходившем в то время в каюте Магнита, она хитростью выманивает Кортеса из его каюты и обнаруживает запись убийства Магнита. Переделав и оснастив космическими технологиями Шияра свой самолёт, Шельма, Зверь и профессор отправляются остановить Кортеса. Зверь пытается деактивировать ядерные ракеты, но не успевает управиться и с 20%, когда Кортес их запускает. Внезапно появляется Магнит, восполнивший свои силы при помощи магнитного поля Земли, и уничтожает ракеты, а затем и астероид "М" вместе с Кортесом, которого оставил там. Но злодея спасают Апокалипсис и Зеладена (уточнить)...

50 «Ксавье вспоминает / Тень прошлого»
«Xavier Remembers»   
После ушиба психологическая защита Ксавье оказалась ослабленной и образовалась щель в астральной сфере, в которую Чарльз когда-то заточил Повелителя Теней (он же Призрак), в результате чего тот вырывается и завладевает телом профессора. Он мучает его, а также Джубили, Росомаху и Грозу кошмарами. Джине после нескольких неудачных попыток удаётся проникнуть в разум Ксавье и вместе с ним вступить в бой с Повелителем Теней, в ходе которого они побеждают и отправляют его обратно в астральную тюрьму.
По словам Чарьза, Повелитель Теней оказал ему услугу, заставив понять, зачем он создал команду Икс и возглавил борьбу за мирное сосуществание мутантов и людей.

51 «Мужество /»
«Courage»   
Мойра излечивает Морфа, и тот решает вернуться в команду. В это же время Форм-Мастер, от которого осталась лишь голова, силами подчиненных ему Стражей похищает особый материал, обладающий особой прочностью и способный сделать Стражей неуязвимыми. Позднее Форм-Мастер отдает приказ похитить Ксавье, а также Гайрика и Траска; когда Стражи нападают на школу мутантов, Морфа охватывает паника, в результате чего он не сумел защитить профессора. Морф остается на базе, когда остальные отправляются спасать Ксавье, но через некоторое время побеждает внутренних демонов и прибывает друзьям на подмогу. Ему удается уничтожить Форм-Мастера, сбив висевший над ним сталактит, но, в конце концов, Морф решает пока не спешить с возвращением, так как он пока недостаточно здоров психически, и улетает.
52 «Тайное становится явным / Тайны прошлого»
«Secrets, Not Long Buried»   
Циклоп отправляется в гости к ученому Тейлору Прескотту, создавшему удаленную коммунну для мутантов, но по дороге его самолет сбивают, после чего Скотт теряет свою способность. В самом городке творится что-то странное: все жители запуганы, а новый знакомый Скотта, доктор Даррел Танака, отказывается отвечать на вопросы касательно Прескотта. Как выясняется, власть в поселении узурпировала троица алчных мутантов во главе с Соларом. Они пленили Прескотта, а жителей используют для добычи лично для них золота из рудника; Скотта же решено показательно убить на рассвете. Во время церемонии Скотт убеждает мутантов поднять восстание против Солара, а Танака с помощью своего дара лекаря возвращает Скотту утраченную способность. Вместе они побеждают узурпатора и освобождают ученого.