Саймон Бейкер родился в Лонсестоне, Тасмания, Австралия, в семье Элизабет Лаббертон, школьной учительницы английского языка, и Барри Бейкера, садовника и механика. Он учился в средней школе Баллины, которую окончил в 1986 году. Затем Бейкер перебрался в Сидней, чтобы выучиться на медбрата, однако он так и не получил диплома. Его всё чаще приглашали на съёмки, после того как он вместе с другом посещал прослушивания в качестве моральной поддержки.

Саймон был воспитан в духе католицизма. Он эмигрировал в Соединённые Штаты в 1995 году.

Женат на австралийской актрисе Ребекке Ригг (англ. Rebecca Rigg). У пары есть трое детей: Стелла, Клод и Гарри. До недавнего времени они проживали в Малибу, Калифорния, пока актёр на время не вернулся назад в Сидней. В настоящее время семья живёт в Лос-Анджелесе.

Ранее Саймон Бейкер выступал на соревнованиях государственного уровня по сёрфингу и водному поло и был спортсменом-чемпионом.

Его актёрская карьера стартовала на австралийском телевидении в конце 1980-х годов, изначально он был известен как Саймон Бейкер Денни. Он снялся в музыкальном клипе на песню «Read My Lips» Мелиссы Ткауц и музыкальном видео «Love You Right» популярного австралийского трио «Euphoria» в 1991 году, пока не попал в снискавший успех сериал «Дома и в пути» на роль Джеймса Хили, в мыльную оперу «E Street» и сериал «Школа разбитых сердец».

Бейкер перебрался в США, где начал работу под фамилией своего отчима, Тома Денни. Он прошёл кастинг на небольшую, но значимую роль Мэтта Рейнолдса в оскароносном триллере Кёртиса Хэнсона «Секреты Лос-Анджелеса», благодаря успеху которого в дальнейшем стал получать роли в большем количестве фильмов.

В 2000 году Саймон сыграл астронавта Чипа в фантастическом фильме Энтони Хоффмана «Красная планета» вместе с Вэлом Килмером, Кэрри-Энн Мосс и Бенджамином Брэттом. Также ему досталась одна из ролей драмы Чарльза Шайера «История с ожерельем» и главная мужская роль в телесериале «Защитник», которую он играл в течение трёх сезонов показа с 2001 по 2004 годы. За роль адвоката Ника Фоллина в сериале «Защитник» Бейкер был номирирован на премию «Золотой глобус» в 2002 году.

Он исполнил роль героя-альтруиста в фильме ужасов Джорджа А. Ромеро «Земля мёртвых» и Дэвида Уокера, несчастного мужа Элайн Уокер, в комедии Алана Брауна «Книга любви». Не так давно Саймон как персонаж Брайан Келли продемонстрировал свою игру в мелодраме «Что-то новенькое» и как Родерик Блан, главный персонаж, вместе с Вайноной Райдер снялся в комедии Дэниэла Уотерса «Секс и 101 смерть».

Бейкер, как ведущий актёр, получил роль Джеффа Брина в телевизионном мини-сериале «Воры экстра-класса» и заработал существенную роль, Кристиана Томпсона, в фильме Дэвида Френкела «Дьявол носит „Prada“» в 2006 году.

Бейкер — кандидат на роль Стива Тревора в давно заявленный, но всё время откладываемый фильм «Чудо-женщина». Актёр получил одну из главных ролей, Патрика Джейна, чрезвычайно умного и наблюдательного детектива, в сериале канала CBS «Менталист», показ которого начался в 2008 году. За эту роль он был номинирован на премии «Эмми» и «Золотой глобус» в 2009 году.

В 2003 году Бейкер выиграл австралийский приз как Мужественная Персона Телевидения на ежегодной телевизионной премии «Fugly Awards».