Интересные факты:
* За два года съёмок все актёры повзрослели, иногда это довольно заметно. Самым первым был снят эпизод, где Алиса и Юля в третьей серии выбираются из окна больницы во двор. Можно заметить, что пижама на Наташе Гусевой велика ей по размеру, в то время как в палате явно была впору — эпизоды в палате снимались уже спустя год, когда девочка успела подрасти.
* В сцене, где Алиса говорит по-английски, её озвучивает девочка-англичанка, приглашённая из английского посольства.
* В сцене побега из больницы действие происходит на рассвете, а в действительности здание снято с восточной стороны, на закате, это видно по характеру освещения.
* Волосы Наташи Гусевой постоянно отрастали, и режиссёр сам стриг актрису. А вот за причёской Алёши Фомкина пристально не следили; следующие в фильме друг за другом эпизоды «экскурсии» Коли Герасимова по Москве будущего снимались в разное время, и при внимательном просмотре можно видеть, что Коля периодически то «обрастает», то становится аккуратно подстриженным.
* Семен Бузган (Коля Садовский) был самым старшим из ребят. Он был единственным, кто по возрасту уже не был пионером. В основном его утвердили потому, что у него к тому моменту ещё не сломался голос. Однако, когда пришло время озвучки, голос как раз сломался, и поэтому хотели пригласить мальчика-дублёра, который мог бы переозвучить, но Арсенов этого не захотел. Кроме Семёна Бузгана, «старым» ещё был Алексей Фомкин, которому было четырнадцать.
* На съёмочной площадке Семён Бузган выяснил, что мама Наташи Гусевой — Галина Макаровна Гусева — его участковый врач.
* Наталья Шанаева (Лена Домбазова) тоже пробовалась на роль Алисы. Всего на эту роль было не менее десятка претенденток.
* Когда Наташу Гусеву первый раз представляли Павлу Арсенову, на вопрос «Какой твой год рождения?» девочка так переволновалась, что по ошибке сказала «1872-й». Арсенов засмеялся и сказал: «Ну вот, ты у нас гостья из прошлого».
* По сценарию в сцене похищения миелофона пираты должны были столкнуть Алису в пруд к «крокодилу». Но вода в пруду была слишком холодной, и от сцены отказались, опасаясь, что Наташа может простудиться и сорвать график съёмок.
* В сценарии есть эпизод, когда Алиса выигрывает в шахматы у гроссмейстера, проводящего в школе сеанс одновременной игры. Он был снят, гроссмейстера играл Раднэр Муратов, широко известный как Василий Алибабаевич из культового фильма «Джентльмены удачи» (в жизни — блестящий шахматист, одно время вёл телепрограмму о шахматах). По неизвестной причине в окончательную версию фильма этот эпизод не вошёл.
* По слухам, оригинальная плёнка фильма была сожжена на Киностудии им. Горького в конце 90-х. Однако, ходит версия, что оригинал не был уничтожен и хранится в фондах Гостелерадиофонда.
* В сцене, где отец Алисы разговаривает с «учёным»-Крысом на его родном языке, в качестве имитации инопланетной речи используется проигранная задом наперёд фраза «От топота копыт пыль по полю летит».
* В сцене, где Алиса выходит из подъезда с подругой в виде «двухэтажного человека», чтобы замаскироваться от пиратов, в действительности Наташа Гусева сидит на плечах не Марьяны Ионесян, а Алёши Фомкина, который играл роль Коли Герасимова. Его для этого специально переодели в школьное платье и гольфы. Под плащом Алёша ничего не видел, и команды ему подавала сама Наташа. Эпизод снимали весь день.
* Фильм начинается с того, что Фима Королёв, прикрываясь книгой, следит за Полиной. В сценарии пояснялось, что эта книга называется «Сто лет тому вперёд». На самом деле (это видно!) Фима держит томик Майн Рида.
* Во время погони за Крысом-старушкой в последней серии Весельчак У одет в свитер, но когда Полина парализует их обоих, Весельчак У, кроме свитера, одет уже и в пиджак.
* В заключительных сценах в заколоченном доме пираты всё-таки овладевают миелофоном, однако после того, как их арестовывает Полина («Именем Закона Галактики»), про миелофон почему-то все забывают. Понятно, что его вернули на место, но следовало бы показать это.
* В одной из сцен полёта на флипах видна стрела установки, на которой был подвешен флип. Также несколько раз отсвечивают тросы, на которых подвешены флипы, постоянно меняются их бортовые номера, а в одной сцене на заднем плане, на том берегу Москвы-реки, идет автобус выпуска середины ХХ века.
* В сцене в больнице, когда Алиса приоткрывает дверь палаты, в стекле видно отражение работника съёмочной группы с микрофоном на длинном шесте.
* Вертер, собираясь увольняться, говорит: «Напишу сегодня заявление Литваку». Это своеобразная «шутка для своих»: в годы создания фильма Литвак был директором Первого Творческого Объединения киностудии имени Горького.
* Безымянный работник космопорта в исполнении В. Невинного обращается к другому работнику космопорта в исполнении М. Кононова: «Михаил Иванович». Это тоже своеобразная «шутка для своих»: имя и отчество актёра М. Кононова — Михаил Иванович.
* Два персонажа — Фима и Юля — действуют и в другом произведении Кира Булычёва, не входящем в цикл про Алису — «Два билета в Индию». Интересно, что там тоже есть бабушка Юли, которая также звонит и зовет на помощь своего друга детства.
* В Институте Времени герой Бориса Щербакова (Иван Сергеевич) появляется в довольно парадоксальном виде, не присущем античному времени: с одной стороны — парадная тога, характерная для аристократии в светской жизни, с другой стороны — меч на боку.
* В первой серии Коля Герасимов просит Вертера разрешить ему взглянуть на какие-либо достопримечательности будущего. Вертер в качестве одной из достопримечательностей предлагает танцы на льду. Пророчество: спустя двадцать с небольшим лет после съемки фильма различные телевизионные проекты с танцами на льду стали весьма популярны.
* В фильме погода на улице не соответствует апрелю в Москве. В апреле в Москве гораздо холоднее, а главное, еще отсутствует листва на деревьях. Кроме того, в отдельных кадрах заметен падающий тополиный пух, откуда можно сделать вывод, что съёмки происходят летом.
* Сцена в пятой серии, когда героиня Натальи Варлей ловким приёмом выбрасывает Весельчака У в окно. Он идёт, через некоторое время падает без чувств, его окружают пионеры. Слышны возгласы Коли Садовского о том, что он уже видел Весельчака У возле школы. Между тем Коля Садовский видел его в классе, когда он вошёл в класс вместе с учительницей английского языка, но почему-то до того момента, когда все увидели Весельчака У без сознания, реплики не подал.
* Перевоплощаясь в других людей и возвращаясь в предыдущее состояние, пираты, как правило, не имеют с собой собственных предметов, оставшихся от объектов перевоплощения. Однако Крыс, превратившись в старушку с сумкой, в которую он спрятал отобраный у находящегося без сознания Весельчака У миелофон, в обратном превращении так же оказывается с этой сумкой.
* В третьей серии Коля Герасимов и Фима Королёв обнаруживают, что вход в машину времени в старом доме замурован. Спустя некоторое время их чуть было не обнаруживают Крыс и Весельчак У, исследующие закоулки дома. Удивительно, но то, что вход в машину времени замурован, пираты обнаруживают только в пятой (последней) серии.
* Когда девочка-Крыс поднимается по лестнице к квартире, где живет бабушка Юли Грибковой, видно, что она в колготках. Когда девочка-Крыс возвращается в заколоченый дом, она почему-то оказывается не в колготках, а в носках.
* Персонаж Крыс (Михаил Кононов) почему-то имеет выделяющиеся клыки, как у вампира. В то же время, как известно, у крыс, как и у других грызунов, сильно развиты резцы, а клыки, наоборот, имеют второстепенное значение. То ли кличка не подходит пирату, то ли зубы пирата не соответствуют кличке.
* По версиям (независимым опросам) Livejournal.com и Liveinternet.ru фильм вошёл в «100 лучших российских фильмов».
* Пролетая над Москвой в первой серии Коля мог видеть часы на башне Кремля, которые показывают 15:30. Далее прилетев в космопорт Коля слышит голос диктора, объявляющий прибытие космолета в 12:30.
* В игре S.T.A.L.K.E.R.Чистое небо в локации города Лиманска есть дом, подвал которого соответствует подвалу дома где находилась машина времени в фильме «Гостья из будущего». Кроме того, в стене есть дверной проём и полностью не открытая кирпичная дверь в соседнюю комнату, где видно машину времени.
* На уроке английского, когда Крыс, перевоплощённый в учительницу, вызывает Алису к себе с портфелем, Алиса подходит к нему в носках, а минутой позже, когда Алиса прыгает из окна и бежит за Колей, она уже в гольфах.
* В сцене полёта Коли на флипе над Москвой будущего виден флаг СССР над Кремлём. Но в Москве будущего, как показало время, советские флаги сменились на триколоры. С другой стороны, в 2084 году СССР вполне может снова существовать. Тем более, в фильме была некая идеологическая нотка.
* Интересен тот факт, что советская "Гостья из будущего" (1984) была снята на несколько лет раньше австралийской " The Girl from Tomorrow" (1990) - фильма с довольно похожим содержанием о перемещении девочки Аланы из 3000 года в 1990 и о последующих приключениях, связанными, в частности, с утерей и поисками ценного технического прибора. Причем в Австралии фильм тоже пользовался большим успехом.
